Hallo Peter,
lies dir nochmal #2 durch, da steht eigentlich schon alles drin.
Stell dir vor, du hast alle Papierkarten zueinander ausgerichtet ("kalibriert") vor dir auf dem Tisch liegen. Dabei überdecken sich die Karten, d.h. ein Teil einer Karte verdeckt einen Teil einer Nachbarkarte. Du kannst jetzt die Reihenfolge der Karten in deinem Stapel ändern, um diese Überdeckung zu minimieren, oder du kannst zur Schere greifen und die störenden Teile entfernen, oder du kannst die störenden Teile "transparent" machen, so daß sie nicht zu sehen sind (ok, das ist analog etwas schwierig und bisher nur digital rückwirkungsfrei möglich). Genau diese Möglichkeiten und noch ein paar weitere hast du bei GM im Overlay Control Center unter Options. Ich habe auch den Eindruck, daß du erst alles in KMZ-Dateien exportiert und danach die KMZ-Dateien zusammengesteckt hast. Das geht zwar auch, ist aber ein langer und aufwendiger Umweg, arbeite statt dessen mit den Quelldateien in einem einzigen Projekt und exportiere erst das fertige Gesamtergebnis als KMZ oder JNX.
GM ist Software für den professionellen GIS-Anwender, die Handhabung lernt man nicht an ein paar Abenden. Autodidaktisch kann da schon einige Zeit ins Land gehen, bis man sich in den Menüs zurechtfindet und sicher mit den selbst benötigten Features umgehen kann, Grundkenntnisse in Geodäsie und Bildbearbeitung helfen sehr bei der Einarbeitung. In #2 hatte ich auf das Handbuch verwiesen, das hat nicht ohne Grund fast 400 Seiten.