Das Kartenmaterial ist eigentlich egal zum Nachbearbeiten, es sei denn Du willst wirklich die aufgezeichneten Höhendaten durch die der Karte ersetzen. (Was ich aus genannten Gründen für einen Fehler halte).
Selber benutze ich QMapShack. Und dort neben der Freizeitkarten für Garmin eine ganze Reihe an topographischen Rasterkarte. QMapShack verwendet allerdings keine Höhendaten aus Karten sondern aus einem extra Layer, der auf beliebigen DEM Daten basiert. Damit kann ich unabhängig von der Karte z.B. die 1x1m DEM Daten von Bayern verwenden. Oder ähnliches für andere Gebiete.
Aber auch in QMapShack sind die DEM Daten nur eine Vergleichsreferenz für aufgezeichnete Tracks. Zur Nachbearbeitung gibt es Filter die z.B. Pausenknödel entfernen oder die Punkte ausdünnen. Echte Ausreißer müssen manuell gelöscht werden. Danach habe ich einen Track, der halbwegs realistische Werte anzeigt.
Fehler bei der Aufzeichnung gibt es natürlich auch genug. Über den Tag kann die aufgezeichnete Höhe sich vom kalibrierten Wert entfernen. Das kann mehrere Gründe haben. So ist das halt bei Messungen und ich kann damit leben. Bei Rundtouren über einen Tag können 30-50m Unterschied im Auf- und Abstieg vorkommen. Das ist normal und kann unterschiedliche Gründe haben.