Erstens habe ich nur eine alte Version von Globalmapper ohne jnx-Export. Und zweitens kann ich zur Problemlösung nichts beitragen.Trotzdem möchte ich meine Erfahrung gerne kundtun, nachdem auch ich viel hin und her probiert habe:
- In GM wähle ich die Projektion Mercator/WGS84.
- Beim Export wähle ich 24-bit und png oder tif. Bei 8-bit gibt es an manchen Stellen leichte Farbänderungen.
- Mit Gimp verbessere ich eventuell Helligkeit, Kontrast und Farbsättigung.
- In MapC2MapC wähle ich bei Output die JPEG Quality 3 und das JPEG Subsampling 2. Diese Einstellungen bringen kaum Qualitätsverlust gegenüber Quality 5 und Subsampling 4, dafür wird die Dateigrösse der JNX sehr schön klein.
Die Unschärfe kommt bei mir erst durch die Anzeige der JNX in Basecamp, wie man es schön an der Karte vom Hohen Kasten sieht. Die von GM von Swissgrid auf Merkator umprojezierte Karte sieht übrgigens genauso pixelig aus wie das Original.
Genügend hochaufgelöste Luftbilder sind auch in Basecamp scharf, wie man am Schatten der Leute beim Garten Gethsemane sieht. Aber natürlich kann es nicht die Lösung sein, Luftbilder in maximaler Auflösung herunterzuladen. Trotzdem sind einzelne Gebäude oder Orte, die man im Urlaub besucht hat, ganz nett in hoher Auflösung in Basecamp zu sehen.
An dieser Stelle möchte ich mich mal für den Forumsbeitrag bedanken, wo jemand den Tipp gab, für verschiedene jnx verschiedene Product Group IDs zu vergeben. (Ich habe leider vergessen wer und wo es war.) Bei MapC2MapC gibt es da auch kein Limit bei 9. So kann man nämlich am GPS-Empfänger gezielt verschiedene JNX einer Region an- und abwählen. Das ist praktisch, wenn man z.B. entweder die topographischen oder geologischen Karten einer Region anschauen möchte oder kurz auf die letzte maximale Vergletscherung schauen will.
Ergänzung: Ich bin dann schliesslich noch auf den Beitrag von roger47 im gpsunderground vom 20.02.2013 gestossen. Ich habe das dann auch so gemacht und mit mobat2jnx aus dem Level 18 ein JNX erzeugt. Allerdings wird mir das mit mobat2jnx erzeugte JNX nicht in Basecamp angezeigt. Nun habe ich aber eine nicht registrierte Version von Globalmapper 16. Mit der kann man nichts speichern aber man kann ja damit JNX lesen, auch das mit mobat2jnx erzeugte. Das Ergebnis ist aber nicht besser als das direkt mit MapC2MapC erzeugte. Zur Demo füge ich noch Bildschirmfoto an, welches den Vergleich des von MapC2MapC erzeugten JNX in GlobalMapper und Basecamp zeigt. Dann liegt es wohl doch nur an Basecamp, dass die JNX automatisch "weichgezeichnet" angezeigt werden.
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. Die zeitliche Nähe Deiner defekten *.gpx Datei und der von 
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